Есть ли возможность автоматические применить при экспорте
1) модификаторы

Да, в настройках объектах есть специальный параметр Apply All Modifiers, он автоматически перед экспортом применит все модификаторы. Но будьте осторожны, если у нас висит на объекте модификатор Armature то он применит и его и соответственно арматура не будет иметь влияние на модификатор, в таком случае вам нужно будет вручную применить все модификаторы до Armature на объекте.

Есть ли возможность автоматические применить при экспорте
2) dupliverts

Не это, к сожалению не поддерживается. Не зная вашей модели могу предположить из опыта, что того же эффекта можно достигнуть при помощи системы части, расставляя частички по вертексам - в таком случае гибкость настроек позволяет получить более разнообразные варианты если это необходимо. Ну или в крайнем случае использовать вместо дубливертексов дублигруппы.

So if you stick with your schedule this huge feature should arrive in late September, right.

Yes, we plant it to the september.

That sounds like this is in the next few weeks/months. Is that feasible?

Unfortunately, but it will be a month later, not in the release that will be on the next week. You will need to wait a little, it's a summer and many of us gone to the vacations, so we have much work but don't have enought hands to do it. We really work hard and trying to do all we can. It very comlex task for implementation.

So, what result did the meeting have, when will this be on your todo list?

The result was the colclusion that your task at this moment can be done only using separated objects.
The function that you need, that allows you to mode bones proceduraly well be in the next of the engine release.
Constrains are not supported. They are will be helpful only if you will bake all changes that it maked to object animation and then use this animation in your project. You will need to be careful with non-uniform scaling, engine allows only scale in 1:1:1 ratio.

а затем с выбранными параметрами затемнения убирались.

С какими параметрами? Опишите подробнее и поэтапно то что вы хотите реализовать.
Программно или средствами NLAScrpt логики и анимации?

Unfortunately, for now we have only one solution for you. We have a small technical meeting on your question tomorrow morning. You will need to make all your details as separated mesh. For now, it's only a possible way to move them proceduraly. In the future we'll implement functions that allow you to do the same directly with armature. It's in our TODO list.

Что то здесь было, но ушло кудато…

почему отражается по-разному?

Во первых отражение в движке не будет идентичным отражения созданным при помощи рейтрейсинга в Blender, во вторых возможно у вас направление отражения находятся не по нормали плоскости.
1)Какие настройки для Reflection вы используете?
2)Куда направлен Reflection Plane или ось Z объекта которую вы используете?
3)Стоит ли Reflexible на кубике и полу?

Скорее всего вы используете кубический тип отражения, для плоских объектов он будет не совсем корректным, он подходит хорошо для сферических и пр обектов со сложной геометрией. В вашем же случае лучше использовать отражение типа Plane.

На данном этапе релиза, к сожалению, автоматическое отражения без использвования Reflection Plane не работает, воспользуйтесь для вашей сцены настройками по типу прикрепленной ниже сцены.

Вот пример настроек необходимых вам.
reflection.blend
reflection.html

Стала конечно лучше читаться геометрия насоса, только вот запекать наверное стоило предварительно расшив некоторые углы геометрии чтоб не было всяких "перетяжных" артефактов. а так уже намного презентабельней.

оно ничего не отражает…что можно сделать?

Вот здесь подробно описано как настроить отражающую поверхность https://www.blend4web.com/doc/ru/materials.html#material-mirror . На всех объектах которые вы хотите увидеть в отражении необходимо выставить Reflexible в настройках объекта. Вам вполне подойдёт тип отражения Plane.