подскажите пожалуйста с чем может быть связано, как исправить?

Скорее всего на объектах присутствует непропорцианальное изменение масштаба, примените Scale объекта (ctrl+a) или выставьте галочк на объекте Apply Scale and Modifiers.

Изначально, для проверки качества запекания для каждого объекта решил делать отдельный материал, по тем материалам где нет текстур думал оставить только текстуру запекания, так как она считается с цветом диффузии, плюс обычно один материал с текстурой, в итоге думал, что можно обойтись одним новым материалом, где будет общая текстура запекания и по отдельным поверхностям текстуры картинок. В итоге оказалось, что хоть цвет и сохраняется, но какое бы разрешение не было выбрано для запекания - его все равно не достаточно для качественной финальной текстуры, поэтому её надо смешивиходным чистым цветом, плюс еще для объекта остаются материалы с текстурами. В итоге либо один материал, но с несколькими текстурами где либо картинки либо исходный цвет, которые замыливают тени и убирают пикселизацию. Либо несколько исходных материалов, которые сразу делаются нодовыми и к ним уже применяется текстура запекания, плюс еще заметил, что сразу решается проблема назначения материалов по отдельным поверхностям, так как они уже исходно назначены и не надо будет ничего раскрашивать. Но здесь я сразу вижу проблему, что если у меня один материал имеет сто юзеров и по всем этим объектам идут разные текстуры запекания, то нужно делать отдельный материал для объектов. Какое Ваше мнение, как отцы этот вопрос проще решают?

Достаточно трудно четко всё это представить, но если я понял правильно то для сохранения качества лучше использовать комбинированную технику: тайловые текстуры + запеченный АО который можно запечь на несколько текстур а потом объединить по слоям RGBA - посмотри на эту тему у нас много примеров в СДК, уроков как видео так и просто статей. Если объект имеет только чистый цвет без текстур, то смысл его запекать в диффузную карту вообще нет, лучше запечь только карту окружения и наложить поверх. Для каких то объектов (по возможности) надо использовать один материал, если же это невозможно то конечно лучше использвать разные материалы для разных объектов. Например стены, пол и потолок можно объединить. Но делать разные материалы для стола и кухонного гарнитура.

По Cycles вопрос отпал сам собой. В руководстве прочитал, что не рекомендуется использовать большое количество нодов материалы и текстуры. Это касается объекта или всей модели в целом?

Есть определенные ограничения на количество используемых текстур в одном материале. Этими ограничениями вы можете руководствоваться если планируете запускать ваше приложение на старых айфонах которые имеют очень жесткие ограничения по количеству текстур и др. ресурсов. Во вьювере, в разделе Tools&Debug, появилась новое средство Min capabilities mode для проверки проходит ли ваша модель через минимальные требования, те материалы которые не проходят будут подсвечены розовым.

Борюсь за корректную прозрачность. Чище всего работает режим ADD, но мне нужно затемнение и цвет стекла. Когда ставлю ALPHA BLEND половина объектов на заднем плане пропадает. Что делать?

При использовании Blend типа прозрачности для порядка отрисовки используется так называемый индекс z-offset, материалы с большим индексом будут рисоваться поверх других полностью их заменяя в на экране, таким образом объекты за видны не будут. Лучше и быстрее всего использовать ADD, в крайнем случае Sort если Add дает артефакты.

Есть аддон, это в смысле я его пишу, и без blend4web не получится так как в нем вся суть.

Тогда прежде надо дождаться что бы все ноды Blend4Web были отображаемы во вьюпорте Blender. Этим у нас занимается человоек внедряя нужный функционал в Blender, но всё это идет медленно и растянется на годы возможно. С какими именно нодами проблемы? И что конкретно делает аддон? Можно поподробней.

на фотографируемом предмете применен материал с blend4web-скими нодами,

Многие из Blend4Web нод просто пустышки в блендере и будут корректно отображаться только при экспорте Blend4Web.

что можно предпринять по этому поводу?

Для корректного рендера с помощью Blender Internal Render лучше обходится без Blend4Web.

есть у меня аддон для блендера,

Трудно дать советы по поводу использования какого то стороннего аддона, по поводу него лучше обратится на форум по Blender'у или к разработчикам данного аддона.

However, when I try the fast preview, it is significantly different!!!

You need to apply scale before making an animation and baking it.

п1. Превьювер материалов из библиотеки интегрированный в систему просмотра материалов Blender. более детальное описание компонентов во вспл. подсказке.

Это у нас в планах на ближайшее время.

п2. Очень было бы удобно и расширило бы вашу аудиторию наличие прямого конвертора материалов и сцены САЙКЛЕЗ в B4W окружение… т.е. при загрузке сцены с саклез материалами и рендерингом чтоб можно было конвертнуть сцену в b4w с макс приближением к исходнику

Такое не представляется возможным из за принципиально разных подходов к проектированию материалов Blend4Web и Cycles.

Вопросы по тек. состоянию:
в1. Попробовал применить материал Хром-металл к сложному объекту коорый использую в сцене и у меня с ним были проблемы с обычными материалами по причине проявления не нужных ребер на триангулированных плоскостях. для обычного материала(под хром или золото) я исправил это выделением плоскостей и применением W-loopTools-Flatten .
но на материале из библиотеки этот баг снова проявися при смене материала на библиотечный.

Можете приложить blend файл с вашим объектом для отладки?

I have an animated fire "burning" on a round plane by using the fire and smoke features on Blender. It's very similar to the one found in this link.

First of all Blend4Web engine doesn't export all from Blender - it works mostly with Blender Internal Render, so only Blender Internal Render nodes, particles and Physics can be exported to the engine. Cycles will not work and you can't export smoke simulation directly from blender to the engine.

I want to render the model on three.js.

Blend4web and three.js cant be connected between them because it's different WebGl engines, so using Blend4Web addon for Blender you can export only to Blend4Web engine.

You can find a good way to make flime using only Blender Internal Render and Blend4Web possibilities in this video from our conference.

Ok, I tried to do it with lattice and it's seems for me that it imposible to do using this way. I think it's better to use bone system. I preper a little simplified example with bones, so you need to add some space between different pieces and do it more complex as you need.
origami.blend

Can you attach blend file directly here? It will take too much time to figure out where need to find needed file in your github folder.

I wanted to add more fancy stuff to the project, specifically "Explode" modifier. The thing is, only the particles -from the particle modifier- appear. Tried "Apply modifiers" from export options, and even tried to bake it as a vertex animation, but it didn't work. I checked the "Explosion" part at "Petigor's Tale" link

Explosion modifyer will not work in the engene. Try to use technic used for golem crash. You can find detailed explanation in this tutorial somewhere in the middle of article.