Thanks for pointing this out. Annotations are now properly sorted. The feature will be available in the upcoming Blend4Web release.

На хостинг нужно выгружать движок, необходимые аддоны и скрипт (скрипты) приложения. В контексте выше указанной статьи, это будут следующие файлы: "b4w.min.js", "app.js", "example.js".