По-моему, ничего страшного. Там же не чистый JS был и C# тоже адаптированный под Unity. С точки зрения скриптов, там не очень много отличия. Пострадавших будет мало, учитывая, что политика Unity к пользователям весьма лояльна. Думаю, будет какой-нибудь автоконвертер, из C# в JS для страждущих.
Сейчас у них многие уроки на C# и в примерах проектов тоже чаще он. Эта идея с единым языком давно продвигается. По началу их вообще три было. Boo был совсем непопулярным. 15% это тоже очень мало. И тех, кто разбирается и любит движок, перебраться на другой скриптовый язык не составит труда.
Так что я воспринимаю эту новость весьма положительно.