Не обязательно, можно выставить на объекте Apply Scale and Modifyers и всё будет применяться автоматически или в объектном режиме жать ctlr-a=>Scale после изменений.

увеличил высоту цилиндра экспортировал, открыл в браузере но цилиндр остался по высоте таким же размером как и по " х" как и по "y"

Это всё та же проблема со скейлом, который в данном варианте отрицательный

Мы стараемся поддерживать именно то поведение которое вы видите при GLSL отображении в окне вьюпорта, а не при режиме Render