Time for [pick_object]: 1372
То есть в твоём случае задержка действительно при вызове pick_object, но мне пока не удалось получить такую задержку даже при выключенном nvidia для opengl, при этом на pick_object уходи 1-2 миллисекунды. Попробую вечером на другом компьютере.

>> В настройках стоит только CPU:
… насколько в курсе, эти настройки Blender не влияют на работу приложения в браузере …

>> Может у меня openGL не видит интегрированное графическое ядро в коре пятом?
… у тебя window? …

>> При этом картина такая же. Клик на меше. Пауза секунда/пол секунды, потом вывод
… сделай не вывод в консоль, а подсветку элемента при срабатывании mousedown …

… у меня pick_object даёт значительно лучший результат чем через append_ray_test_ext …
… потом вывод в консоль, наверное является индикатором для фиксации времени …
… судя по твоим записям - на реакцию на mousedown времени тратиться мало …
… покажи выводы без append_ray_test_ext но с pick_object …

кстати, а какой браузер?

… давай ещё раз уточним задачу - зачем тебе m_phy.append_ray_test_ext ? …
… основная причина почему такое большое время проходит между кликом мышки и подсвечиванием шарика именно в нем …
… отклик mousedown происходит мгновенно даже при 5-9 fps (мне удалось получить такой fps при colCount = rowCount = 100) …

… по ходу поправь в коде поименование создаваемых мешей
var newMesh = m_objects.copy(sourceMesh, "newMesh"+ row + col);
например замени на
var newMesh = m_objects.copy(sourceMesh, "newMesh"+ row + '_' + col);

… выложи проект …

пользуй правильно вызов функции, например так
m_objects.set_nodemat_rgb(obj, ['Mat','RGB1'], 0, 1, 0);

>> Если использовать pick_object, то 04.-0.5сек задержка именно на нем.
… не могу это подтвердить …
… для того чтобы получить задержку 0.5 секунды (500 миллисекунд) мне потребовалось пикнуть примерно четыре тысячи раз …

var now = new Date();
for(var i=0; i<4000; i++){
var obj = m_scenes.pick_object(x, y);
}
var now = (new Date() - now)/1000;
alert(now);
… то есть этот код после клика мыши выводит 0.5 (секунд) …

>> Можно ли добавить лисенер на сам меш?

Насколько понимаю, то на уровне 'opengl/webgl' определения объекта идёт с помощью предварительного рендеренга в особом режиме. Если обработчик будет на меше, то для его обслуживания все равно будут задействованы существующие механизмы и скорости это не прибавит.

>> По поводу медленного отклика по mousedown, возник вопрос.
Можешь напомнить где лежат твои проблемные файлы или выложи их ещё раз, что-бы определить где действительно узкое место.

>> в bw4 текстура не видна, в рендере блендера нормально
Попробуй разместить свой проект в sdk в каталоге apps_dev.
Если для Fast Preview, то можно упаковать текстуру (графический файл) в модель.